為配合本系的教育目標，本系大學部之課程規劃包括共同必修科目、通識科目、基礎必修科目、核心必修科目、核心選修科目等課程。本系每一課程之授課教師依其授課內容，均有其所配合達成之核心能力目標，以使學生在修畢課程後，能培養出本系希望學生修畢課程後，可具備之核心能力。本系開授之大學部課程共有66門課，具備第一項核心能力指標「具有經濟、統計、會計、管理與農學之基本知識」有34門課；具備第二項核心能力指標「具有農業經濟之專業知識」有32門課；具備第三項核心能力指標「具備報告撰寫及簡報之能力」有27門課；具備第四項核心能力指標「具有良好之溝通與團隊合作能力」有20門課；具備第五項核心能力指標「廣泛的知識：瞭解農業經濟與全球變遷、經濟發展、糧食生產、食品安全與健康及資源利用與保育之關係」有24門課；具備第六項核心能力指標「尊重學術倫理、智慧財產權與持續學習之能力」則有22門課。

本所開授之碩士班課程共有40門課，具備第一項核心能力指標具備熟識及活用農業經濟專業知識之能力」有32門課；具備第二項核心能力指標「具有創新思考、獨立研究與解決問題之能力」有30門課；具備第三項核心能力指標「協助策劃及執行研究計畫，並具備撰寫完整報告及專業簡報之能力」有27門課；具備第四項核心能力指標「具有良好之溝通與跨領域團隊合作能力」有12門課；具備第五項核心能力指標「具備論文閱讀與文獻檢索彙整之能力」有24門課；具備第六項核心能力指標「尊重學術倫理、智慧財產權與持續學習之能力」則有18門課。

本系博士班課程設計共有30門課，具備第一項核心能力指標「具備熟識及活用農業經濟專業知識之能力」有28門課；具備第二項核心能力指標「具有創新思考、獨立研究與解決問題之能力」有28門課；具備第三項核心能力指標「策劃及執行研究計畫，並具備撰寫完整報告及專業簡報之能力」有24門課；具備第四項核心能力指標「具撰寫英文研究論文、參與國際學術活動及交流之能力」有26門課；具備第五項核心能力指標「具有良好之溝通、跨領域團隊合作及領導與管理之能力」有13門課；具備第六項核心能力指標「尊重學術倫理、智慧財產權與持續學習之能力」則有19門課。

而在就業表現方面，本系畢業生在政界及工商業服務一直有出色表現，在農業行政方面，培育諸多政府官員及中央、地方機關公務人員；在教育研究及學術界方面，亦有眾多系友持續在農業經濟相關領域上擔任研究員、教師及專家學者；而在民間企業部分，不論是創業或受雇者在各領域中均有優異表現。

本系畢業生從就業產業分佈上來看，較集中於財務與金融業、學術研究教育及政府行政部門等幾個特定的產業別。由此可知在多元發展的同時，本系在財務、金融、農業行政與政策之教育方向中，是與畢業生較為直接相關之就業領域。故以本系課程之多元與廣度而言，畢業生就業與其在校所學專業之關聯程度相當高。而農業經濟碩士在職專班的成立，更吸引全台許多目前從事與農業領域相關之精英人才在職進修，將學校所學專業知識和職場之實務經驗互相應用，並藉此互通產業界與學術界之資訊。可見本系不論在課程安排及專業能力培養上，都有良好設計與規劃，使本系畢業生於投入職場各行各業均能學以致用，對國家社會有相當之貢獻。